Gyakori ateista érv, hogy a korai kereszténység esetleg még jó úton járhatott, de később megromlott. A jellemző érv: megrontotta Konstantin császár, ill. maga az államegyházzá válás, vagy a zsinatok megváltoztatták az eredeti tanítást.

A kereszténységben különbséget kell tenni 3 dolog között: dogma, kánon és álláspont.

A dogma Istentől van, megváltoztathatatlan igazság.

A kánont az Egyház hozza létre, kötelező érvényű, be kell tartani, de nem örök igazság, hiszen változott és változhat.

S utoljára az álláspont vagy vélemény. Ez időben és térben változó, az elfogadása ajánlott, de nem több ennél. Vitatható is akár.

A keresztény egyházszervezet dogmatikai alapja a hármas felosztás (püspök – pap – diakónus), valamint a püspöki és papi funkció korlátozása a férfiakra.

Minden más nem dogmatikai kérdés, hanem a gyakorlatban kialakult rend, a meglévő viszonyok által keltett igények mentén.

A kezdetekben városonként egy egyházközség létezett, aminek vezetője a püspök volt, akit segítet(tek) a pap(ok) és a diakónus(ok).

Amint azonban a hívők száma növekedett, már nem volt elég városonként egy-egy egyházközség. Ekkor történt az a változás, hogy maradt a városonkénti egy püspök, akinek megbízottjai lettek az egyházközségeket vezető papok.

Az apostolok alapította egyházközségek a kezdetektől nagyobb tiszteletet élveztek. Alexandria, Antiochia, Cyrene, Efeszosz, Karthágó, Róma, s természetesen a legelső egyházközség Jeruzsálemben.

A nagyobb városok lassan elkezdtek kiemelt szerepet játszani a környező kisebb települések számára. Gyakorlati okokból ezek a központok jellemzően az illető római tartományok székhelyén jöttek létre. Ugyanaz ez oka annak is, hogy Róma lett az első számú központ: hiszen Róma volt a Római Birodalom fővárosa.

A későbbi katolikus magyarázat szerint a Római Egyház elsőbbségének oka az, hogy azt Péter alapította, az a Péter, akit Jézus az Egyház vezetésével bízott meg. Azonban ez tévedés: Péter az Antiochiai Egyház alapítója is, azaz e logika alapján az Antiochiai Egyháznak is elsőrendű szerepet kellene játszania Rómával együttesen.

Mivel ez az egész terjedési folyamat nem alapult dogmán, ez nem egyformán zajlott le mindenhol.

Egyiptomban az alexandriai egyházközség hírneve akkora volt, hogy vezetője, az alexandriai pápa (vagy pátriárka, de a pápa a gyakoribb elnevezés) alatt alakult ki az egyházi szervezet, azaz a püspökök mai szóval vikáriusok lettek, az alexandriai pápa helyi képviselői. Kis-Ázsiában az érsekek inkább, mint a püspökök közti “első az egyenlők között” státuszt élvezték. Nyugaton a római pápa a kezdetektől hasonló szerepet jétszott, mint Egyiptomban az alexandriai pápa.

Az új területeken létrehozott egyházközségek élete sem alakult egyformán. Nyugaton és Egyiptomban minden új egyházközség a legfontosabb központ – Róma és Alexandria – alá tartozott a továbbiakban is. (Ez a helyzet Alexandriát illetően csak a XX. században változott meg, amikor az alexandriai pápa függetlenséget adott az Etióp Egyháznak.) Keleten viszont az új egyházi központok idővel fügetlenséget kaptak eredeti központjuktól: az első eset a Ciprusi Egyház, mely az V. sz. elején lett független addigi központjától, Antiochiától.

Természetesen “függetlenség” alatt kizárólag jogi függetlenség értendő, sosem hitelvi!

A IV. sz. elejére tehát alakult ki az a rend, hogy van 5 legfontosabb püspökség: Alexandria, Antiochia, Jeruzsálem, Konstantinápoly, s végül a köztük első helyet elfoglaló Róma. A korábban másodlagos jelentőségű Konstantinápoly úgy lett az ötös csoport része, hogy a Birodalom fővárosa át lett helyezve Rómából oda. Ebből is látható a gyakorlati szempont az egyhászervezet alakulásában.

Később keleten a független egyházközpontok száma növekedett: az első a már említett Ciprus volt.

A szerzetesség csak a III. században alakult ki, legelőször Egyiptomban, aztán onnan elterjedt Kis-Ázsiába, majd az egész Egyházban fontos intézmény lett. Később kialakult az a szokás is, hogy a püspököket a szerzetesek közül választották.

A szerzetesek elvonultak a világtól, nem éltek nemi életet, nem voltak házasok. Viszont a házasságtól való tartózkodásnak természetesnek kellett lenni, a művi meddőtlenítés (ill. csonkítás) szigorúan tilos volt, sőt ez kizáró okká vált a szerzetessé szentelésnél.

Így alakult ki: a szerzetesek és a főpapok nőtlenek, az egyházközségi papok pedig házas, családos emberek. (A római pápa a XI. században bevezette a nőtlenséget minden pap számára, azóta a római pápa alá tartozó papok nőtlenek, ill. nem kizárólagosan, ugyanis a nőtlenség kötelezettsége csak a latin rítusú papokra vonatkozik, a nem latin rítusú katolikus papok mind a mai napig házasok, így manapság a katolikus papok kb. 5 %-a házas.)

Ma a kereszténység apostoli hagyományt tartó része fenntartja a fenti egyházi szervezetet.

A bekövetkezett három egyházszakadás (431, 451 és 1054) miatt azonban jelenleg a történelmi, ősi főpapi tisztségeket egynél több személy tölti.

Alexandriai pápából 536 óta kettő van, 1215 óta pedig lett egy harmadik is. Antiochiai pátriárjából 518 óta kettő van, 1098 óta pedig lett egy harmadik is.

Jeruzsálemi pátriárkából 638 óta kettő van, 1099 óta pedig három.

De mindez a szerencsétlen körülmények tragikus következménye.